博利厄元帅抛下了大炮，自然是跑得飞快。拿破仑估计了一下双方此时大概的距离，以及双方行进的速度，最后得出了这样的一个结论：敌军一日千里，我军望尘莫及。
的确，法军刚刚在波河来了一次五十英里的急行军，接着为了赶到大桥，又来了一次急行军，再急行军追赶奥地利人，实在是有点困难了，就算人在革命思想和格罗索（威尼斯银币）的支持下，可以坚持，但是战马却也经不起这样的行军，必须加以休息了。而马匹一旦不能跟上，不但骑兵和大炮跟不上来，其他的很多必须的物资也都跟不上来了。
拿破仑估计博利厄元帅肯定会退往米兰。而在丢掉了这么多的大炮的情况下，就凭他手中的力量，肯定是保不住米兰的。而从前面的这些交战来看，博利厄元帅也不是一个头铁到，明知道打不过也要硬顶上来拼命的角色。所以他在回到米兰之后，最多休整一下，然后就会接着逃走。唯一值得担心的就是，博利厄元帅在撤退的时候，会带走多少弗罗林（意大利常见的金币，在这里泛指各种金币）而已。
考虑到自己军队的状态，所以拿破仑在经过考虑之后，便让士兵们干脆原地休息了一天，到了第二天才向着伦巴第的首府米兰进军。
到了第二天下午，法军的侦察骑兵刚刚接近米兰，就有米兰市的市民代表出现在他们面前，他们告诉带领骑兵部队的奥热罗：奥地利人在清晨的时候就已经离开了米兰，现在米兰并无防御，全米兰的市民都热烈欢迎波拿巴将军的到来。
无伤占领米兰之后，拿破仑的军队再次停下来稍作休整。拿破仑本人则在米兰的市议会中向米兰人发表了讲话，表示自己并不是奥地利人那样的侵略者，他来到这里并不是为了像奥地利人那样压榨勒索伦巴第人民，而是为了给伦巴第人民带来自由和解放。
这个讲话让生恐会遇到劫掠和勒索的米兰人大大的松了一口气，然而不久之后，他们就知道了法国人所说的自由和解放是什么意思。
拿破仑在稍作休整之后，便帅军继续追击奥军，一直追击到奥地利在意大利最重要的要塞——曼图亚。而博利厄元帅带领着残余的一万多军队，依托坚固的曼图亚要塞苦苦支撑，等待援军。而拿破仑则将屯兵曼图亚要塞附近，准备玩围点打援。
与此同时，在拿破仑控制的区域，自由和解放也进行得如火如荼。
在米兰，一些受到法国人支持的家伙组织起了一个叫做“自由俱乐部”的组织，他们提出了一个吓坏了当地的地主贵族的口号：像皮埃蒙特那样！
这些人宣称，伦巴第应该采用皮埃蒙特一样的措施，也就是没收所有的贵族的土地，将他们无偿的分配给农民。
紧接着在乡间，冲突开始出现了，一些全副武装的暴徒，袭击了贵族们在乡间的庄园。他们焚烧了“缴获的地契”，宣布将这些土地分配给当地的农民。贵族们惊恐不已，他们此时并没有足以保护自己的财富的武力，而法国人对这些事情统统归结为“意大利人内部的矛盾”，而不加理会。
这种放任，导致了两个后果，一个是不少的贵族开始离开伦巴第，逃亡到其他地方去，并且将“法国暴徒”们的恐怖四处传播；另一个后果则是一些贵族开始暗中和法国人的敌人，比如奥地利人以及教皇国联络，试图依靠他们的力量赶走法国人，恢复“神圣的秩序”。
而在事实上，这些举动几乎全都在拿破仑的预料之下。拿破仑一边准备应对奥地利人紧急从莱茵一线调过来的援军，一边让奥热罗返回米兰，准备镇压当地的贵族。
与此同时，得到了拿破仑在意大利的缴获的支持，在约瑟夫的军工厂中，新的武器正在加班加点，二十四小时不停的被制造出来。这些武器被装上飞剪船，然后在意大利的中立国热那亚上岸，并被不断地运往拿破仑的军中。在刚刚发起意大利之战的时候，拿破仑的军队中还只有散兵装备了全新的线膛枪，而到现在，大部分的士兵都已经装备上了最新的线膛枪——拿破仑的手中，拥有了一支完全领先于整个时代的军队。
1796年4月10日夜间，奥热罗突然带兵闯进了米兰当地知名贵族伦纳德·德·帕特里伯爵的家中，将伯爵一家全部逮捕，并从他家中搜查出大量的通敌的信件。
紧接着，法国人开始依照从帕特里伯爵那里抽查出的名单，在米兰城中进行了大搜捕。这次行动，仅仅是4月10日一个夜晚，就有一百多人被法军逮捕。后来一些同情这些贵族的人将这个夜晚称作“恐怖之夜”。
接着紧急成立起来的革命法庭，以法国式的高效率迅速地审理了这一案件，然后在一个星期之后，便将这一百多个贵族全部挂在了绞刑架上。而他们的财产，自然也被没收。这些被没收的财富中全部被分配给了无地农民和城市中的穷人。当然，也有人说，当时法国人在这些贵族那里还拿走了大量的艺术品和金银币，但却并没有将这些东西登记在案。
在曼图亚要塞被包围了二十多天之后，博利厄元帅终于盼来了奥地利皇帝给他派来的援军。维尔姆泽元帅率领的四万大军。
虽然博利厄元帅再给皇帝的求救信中反复强调了法军惊人的战斗力，以及领先时代的武器。但这些警告，都被皇帝视为为自己一连串的失败找的拙劣的借口。而皇帝的这个看法也得到了其他的一些在莱茵地区和法国人交战的将领们的普遍支持。比如卡尔大公在看了博利厄元帅的“法军骑步精锐，野地浪战，万万不可”“法军不满万，满万不可敌”的警告之后，气得差点建议应该先让博利厄元帅回来上一趟军事法庭。而老元帅维尔姆泽更是扬言：“等老子给这个懦夫解了围之后，一定要当众用马鞭把他的屁股抽开花！”
不过即便如此，奥地利人还是表现出了一定的谨慎，这四万大军都是精锐部队，再加上被围在曼图亚要塞中的一万多军队，即使是面对拿破仑全军，他们也拥有人数优势。更何况在占领了大片的土地之后，拿破仑也不得不将不少的军队作为占领军留在这些被占领的地区维持秩序。所以此时，他能集中起来，用于会战的军队的人数不会超过三万人。所以在人数上，奥地利人是有着明显优势的。这一仗应该还是很有把握的。
在原来的历史上，拿破仑是依靠法军惊人的快速行军能力，利用了老元帅的一个疏忽的分兵，将奥地利军队各个击破的。但是在这一次，拿破仑认定，自己的军队在绝对实力上已经压倒了奥地利人，根本就不需要玩这些花样，只需要在一次硬碰硬的战斗中摧毁敌人就够了。
5月2日，拿破仑麾下的法军和奥地利军队在距离曼图亚要塞不远的卡斯蒂里恩展开了一场大会战。结果依靠着射程三四倍于奥地利军队的步枪和机动灵活的散兵战术，拿破仑带着不到两万的军队，仅仅只用了半天的时间就打垮了维尔姆泽元帅率领的奥地利援军，维尔姆泽元帅只带着自己的一百多人的卫队逃出了战场，其他的奥地利人，不是战死，就是被俘，或者是逃散了，而法军的伤亡甚至还不到两千人。
5月3日上午，拿破仑派出使者，将在他前一天的大战中缴获的五十多面奥地利军旗送入博利厄元帅把守的曼图亚要塞，自博利厄元帅以下，莫不震恐色变。第二天一早，博利厄元帅便派出使者，前往拿破仑的军营，商谈投降的问题。
拿破仑在获得了胜利之后，对博利厄元帅倒是表现得格外的温和，他给博利厄元帅的条件相当的宽厚。拿破仑允许奥地利人保留自己的私人物品，甚至还允许他们携带少量用于自卫的武器离开要塞，依照法国人规定的线路返回奥地利。当然，作为回报，博利厄元帅麾下的军队不得损坏要塞设施、大炮、以及积累的各种物资。
对拿破仑的宽大，达武私下里提出了反对意见，认为拿破仑此举有点放虎归山。
“这毕竟是一万多受过训练的军队，放他们回去，会增强奥地利的力量的。”
但拿破仑却不以为意地回答道：“他们已经被我军吓破了胆，放他们回去，他们只会把我们吹得如同神灵，并严重的打击奥地利人的士气。这对我们来说，也不是什么坏事情。”
拿破仑的宽厚的条件，自然让曼图亚要塞中的奥地利守军喜出望外。他们立刻就同意了拿破仑的条件，向法军投降并交出了要塞。